L’edificio dove ha sede il Museo, è parte del complesso di Santa Maria di Piazza, la chiesa ne costituisce il corpo principale, al suo interno vi sono opere prestigiose, prima fra tutte la pala dell’Assunta di Lorenzo Lotto. Dalla chiesa proviene la gran parte degli oggetti che all’inizio degli anni ’80 vennero musealizzati al secondo piano insieme ad altri beni provenienti dalle chiese del territorio, permettendone la tutela e la valorizzazione.

Il museo venne ricavato nella successione di sale, disposte su varie quote altimetriche, con il percorso che termina con l’affaccio sulla piazza principale attraverso la finestra cruciforme rinascimentale.

L’edificio è stato oggetto di recenti interventi strutturali sui solai e sulle coperture, che hanno comportato la rimozione delle controsoffittature consentendo un aumento dell’altezza dei vani ma anche la possibilità di vedere, anche dall’interno, il quadrante in vetro traslucido dell’orologio civico.

Le opere di completamento eseguite hanno riguardato le pavimentazioni in cotto, rimontate secondo lo schema precedente con materiale di recupero, gli intonaci, le scialbature e le tinteggiature, il restauro degli infissi, l’abbattimento delle barriere con rampe e mezzi meccanici, i nuovi impianti illuminotecnici e di sicurezza.

I lavori strutturali hanno reso necessario lo sgombro dei locali, pertanto si è presentata l’occasione per ripensare l’intero percorso espositivo ed il conseguente nuovo allestimento. Perciò è stata avviata una serie di operazioni che ha visto innanzitutto la necessità di selezionare il materiale da esporre nel nuovo allestimento.

Il percorso espositivo individua nelle varie sale, ambiti tematici che tengono conto dei luoghi di provenienza del materiale, questo percorso termina nella sala 4 con l’affaccio sulla piazza e sul panorama, dalla finestra cruciforme rinascimentale restaurata, la cui veduta è l'ultima delle bellezze da osservare.

La luce naturale entra solamente da questa finestra e dal quadrante dell’orologio che la sovrasta. Tutte le altre fonti di luce naturale sono oscurate, in modo che l’illuminazione delle opere sia del tutto controllata. L’illuminazione degli ambienti, architettonicamente modesti, è lasciata in secondo piano privilegiando l’illuminazione delle opere contenute, in modo da farle risaltare rispetto ad una generale penombra. Il risultato ottenuto è una luce teatrale.

Gli arredamenti progettati e realizzati (contenitori-vetrina, basi di appoggio delle opere e mensoloni a parete) hanno linee molto minimali in modo da valorizzare al massimo il contenuto piuttosto che il contenitore, a tale scopo il colore (una neutra tonalità di bianco) degli arredi è il medesimo delle tinteggiature delle pareti. La finitura delle pareti della torre è diversa dalle altre in modo da marcarne la presenza.